Kentin içindeki en ünlü ve en önemli dini yapı Panagia Phaneromeni Ayazmasıydı. Panagia’nın İkona’sı bir rüyanın sonrasında yapılan kazı ile 28 Haziran 1852 yılında bulundu. Buraya 1867 yılında Khioslu Kaptan Mihalis Papazis’in harcamalarıyla bir ayazma yapıldı. İlk ayazma 1890 yılında bozularak aynı yılda üzerine daha büyük bir ayazma inşa edildi. Panagia Phaneromeni Ayazması kentin dini yaşantısında 1920 yılına kadar egemen oldu. Panagia Phaneromeni Ayazması 1922’den sonra, bölgenin tümüyle Türklerin eline geçmesiyle etkinliğini tamamen yitirdi.

Panagia, Ortodokslarca Meryem Ana’ya verilen addır. Bizans ve Ortodoks ikonografisinde kiliselerdeki Meryem betimlerine ve ikonalarına da Panagia denilir. Phaneromeni ise canlanan, yeniden ortaya çıkan, görünen anlamındadır. Yani Meryem Ana’nın bir sıfatıdır. İsminden de anlaşılacağı üzere bu yapı, Meryem Ana için yapılmıştı.

Yunanistan’ın bağımsızlığına yol açan 1821 Mora Ayaklanması, Batı Anadolu kıyılarına da sıçradı. Bunun sonucunda Ayvalık ve Cunda Adası Rumları da isyancılarla birleşerek 1821 yılının Mayıs ayında saldırıya geçtiler. Halkın büyük bir bölümü Ayvalık’ı terk ederek adalara sığındı. Mora İhtilâlı, henüz bitmeden İstanbul, dağılmış olan Ayvalık Rum halkının eski yerlerine dönmeleri konusunda ılımlı davrandı. Ayvalık halkının affedilmesi, dönenlerin yerleştirilmesi konusunda bir buyruk çıkarıldı. 18 Mayıs 1824 tarihinde Midilli Muhafızı Mustafa Ağa’dan Babıâli’ye gönderilen bir yazıda, Ayvalık ve Cunda Adası halkının “celp ve iskân” edildiği ifade ediliyordu. Yavaş yavaş Ayvalık ve Cunda Adası’na gelerek yerleşen Rum halkına daha sonra zeytinlikleri verildi. Rum Halkın geriye dönmeleri 1832 ile 1840 yılları arasında tamamlanmış olmalıydı. Bu karışıklık yıllarında Ayvalık oldukça tahrip olmuştu. Ayvalık’ın yeniden canlanmasıyla kiliseler ve önemli yapıların tümü, 19. yüzyılın ikinci yarısında yapılmıştı. Ayvalık Ayazması da yine bu zamandandı.

Ayvalık tahribatından sonra 1832-1840 yılları arasında, Rumların yeniden Ayvalık’a dönmesinden sonra Kutsal Hastane yeniden kuruldu. Bu hastanenin maddi açıdan desteklenmesi için büyük bir ENNEAIMERA diye anılan “Dokuz Günlük Yortu” 23 Ağustos 1840’ta başlatıldı. Bu “Dokuz Günlük Yortu” Meryem Ana’nın ölümünün yorumlandığı bir yortuydu. 15 Ağustos’ta Meryem Ana’nın öldüğü gün (Koimesi) başlıyor, dokuz gün sürüyordu. 23 Ağustos’ta büyük bir bayramla kutlanıyordu. 1890 Ayazmasının havuzunun basamaklarının dokuz adet oluşu da Yortu’nun dokuz gün oluşuyla benzerlik gösterir. Bütün bu yortunun gelirleri de hastaneye kalıyordu. Bu kutlamalar Hagios Haralampos Kilisesi’nde yapılıyordu. Bu kutlamalar Panagia Phaneromeni Ayazması için de önemliydi. Burada da dualar ediliyordu. Panagia Phaneromeni Ayazması için iki önemli gün vardı. Birincisi bu Ayazma’nın kuruluşuna neden olan ikonanın bulunduğu gün, 28 Haziran 1852 tarihidir. Diğeri ise 23 Ağustos’ta yapılan “ENNEAIMERA Yortusu” idi. Panagia Phaneromeni’nin 28 Haziran 1852’de ikonasının bulunması, bölgede çok büyük bir olay oldu. Çevre ve bölge sakinleri için bu buluş, büyük bir tarihsel ve dinsel olay sayıldı ve inancı canlandırdı. Gerçekleşen mucizeler, Meryem’in varlığını ve korunmasını kanıtlayan bir tanrısal işaret olarak değerlendirildi. Halk bu ikonanın bulunduğu günden itibaren cesaretini yeniden kazandı. Toprağı ekti, zeytinlikler ve asmalıklar da büyük ölçüde işlendi. Zeytinyağı atölyeleri ve fabrikaları kuruldu. Gemiler yaptırıldı ve bütün bunlara Phaneromeni’nin öncülük ettiğine inanıldı. Böylelikle onlar için yeniden bir hayat başlamış oluyordu. Bu zenginliğin sonunda da kentte çok büyük imar hareketleri görüyoruz. Nitekim bugün ayakta kalan bütün bu yapıların bu tarihten sonra yapılmış olduğu dikkati çeker görüyoruz. Panagia’nın ikonası, Ayazma’da değil Hagios Haralampos Kilisesi’nde yer alıyordu. Hagios Haralampos’un rahipleri bu ikonayı alıp, Ayvalık içinde ve dışında tarlalarda ve birçok yerde onunla kutsama yapıyorlardı. Bütün bu kutsama sırasında toplanan bağışlar, hep hastane gelirlerine kaydediliyordu. En büyük bayram ise 23 Ağustos’ta gerçekleştiriliyordu. Bu bayram, yine Hagios Haralampos Kilisesi’nde ve bütün kiliselerde kutlanıyordu. Ayazma’da da yine büyük dualar yapılıyordu. Demek ki Ayazma’nın iki büyük bayramı vardı. Birincisi 28 Haziran, ikonanın bulunduğu gündü. İkincisi de 23 Ağustos’ta, Hz. Meryem’in dokuz günlük yortusu ile ilgili yapılan bayramdı


Panagia Phaneromeni’nin ikonası, 28 Haziran 1852’de bugün olduğu yerde, sahilden yaklaşık 100 m uzaklıkta bulunan ve Saliokola (veya Saliokoula’nın Bahçesi) olarak denilen yerde bulundu. İkonanın bulunması için uzun süre kazılar gerçekleştirildi. Taşralı, basit, fakat içinde Tanrı sevgisi olan Ayvalıklı Evaggelini isimli 16 yaşlarında bir kız çocuğunun 1851 yılının bir Pazar günü görmüş olduğu rüyanın sonucunda söz konusu alan kazıldı. Kazılar sonucunda Meryem Ana’nın ikonası ve kutsal su ortaya çıkarıldı. Daha sonra “Kassiani” ismiyle rahibe olan bu kız çocuğunun yüzyılın sonuna kadar yaşamış olduğu sanılıyor.

İkona’nın bulunduğu tarih olan 1852’den Rumlar’ın bölgeden gittiği 1922 tarihine kadar bu Ayazma, Ayvalık ve çevre bölgelerdeki en büyük tapınma alanı ve dini merkez oldu. İkona, o zamanın halkının anlatımlarına göre ve kaynaklarda ifade edildiği üzere gümüş veya altın kaplamalı olup, küçük boyutta ve ahşaptan yapılmış çekmeceli bir çerçevesi olduğu söyleniyordu. Bu ikona, daha çok Hagios Haralampos Kilisesi’nde tutuluyordu ve hem Ayazma’yı hem de evleri, tarlaları kutsamak için sürekli olarak gezdiriliyordu. 1876 yılında basılan ayin kitabının üzerindeki gravürde Meryem Ana, sağ elinde khiton giyimli ve ayakta duran İsa’yı tutuyordu. İsa, sağ elini öne uzatmış ve üç parmağı da kutsama pozisyonundaydı. Sol eliyle ise Meryem Ana’nın göğsünün önündeki yer küreyi tutuyordu. Meryem Ana, sağ eliyle İsa’ya sarılmakta ve sol eliyle de ayaklarını tutuyor olarak görünüyordu.