Kentin içindeki en ünlü ve en önemli dini yapı Panagia Phaneromeni Ayazması idi. Panagia’nın İkona’sı bir rüyanın sonrasında yapılan bir kazı ile 28 Haziran 1852 yılında bulundu. Buraya 1867 yılında Khioslu Kaptan Mihalis Papazis’in harcamalarıyla bir ayazma yapıldı. İlk ayazma 1890 yılında bozularak aynı yılda üzerine daha büyük bir ayazma inşa edildi. Panagia Phaneromeni Ayazması kentin dini yaşantısında 1920 yılına kadar egemen oldu. Panagia Phaneromeni Ayazması 1922’den sonra, bölgenin tümüyle Türklerin eline geçmesiyle etkinliğini tamamen yitirdi.

Panagia, Ortodokslarca Meryem Ana’ya verilen addır. Bizans ve Ortodoks ikonografisinde kiliselerdeki Meryem betimlerine ve ikonalarına da Panagia denilir. Phaneromeni ise canlanan, yeniden ortaya çıkan, görünen anlamındadır. Yani Meryem Ana’nın bir sıfatıdır. İsminden de anlaşılacağı üzere bu yapı, Meryem Ana için yapılmıştı.

Yunanistan’ın bağımsızlığına yol açan 1821 Mora Ayaklanması, Batı Anadolu kıyılarına da sıçradı. Bunun sonucunda Ayvalık ve Cunda Adası Rumları da isyancılarla birleşerek 1821 yılının Mayıs ayında saldırıya geçtiler. Halkın büyük bir bölümü Ayvalık’ı terk ederek adalara sığındı. Mora İhtilâlı, henüz bitmeden İstanbul, dağılmış olan Ayvalık Rum halkının eski yerlerine dönmeleri konusunda ılımlı davrandı. Ayvalık halkının affedilmesi, dönenlerin yerleştirilmesi konusunda bir buyruk çıkarıldı. 18 Mayıs 1824 tarihinde Midilli Muhafızı Mustafa Ağa’dan Babıâli’ye gönderilen bir yazıda, Ayvalık ve Cunda Adası halkının “celp ve iskân” edildiği ifade ediliyordu. Yavaş yavaş Ayvalık ve Cunda Adası’na gelerek yerleşen Rum halkına daha sonra zeytinlikleri verildi. Rum Halkın geriye dönmeleri 1832 ile 1840 yılları arasında tamamlanmış olmalıydı. Bu karışıklık yıllarında Ayvalık oldukça tahrip olmuştu. Ayvalık’ın yeniden canlanmasıyla kiliseler ve önemli yapıların tümü, 19. yüzyılın ikinci yarısında yapılmıştı. Ayvalık Ayazması da yine bu zamandandı.

Ayvalık tahribatından sonra 1832-1840 yılları arasında, Rumların yeniden Ayvalık’a dönmesinden sonra Kutsal Hastane yeniden kuruldu. Bu hastanenin maddi açıdan desteklenmesi için büyük bir ENNEAIMERA diye anılan “Dokuz Günlük Yortu” 23 Ağustos 1840’ta başlatıldı. Bu “Dokuz Günlük Yortu” Meryem Ana’nın ölümünün yorumlandığı bir yortuydu. 15 Ağustos’ta Meryem Ana’nın öldüğü gün (Koimesis) başlıyor, dokuz gün sürüyordu. 23 Ağustos’ta büyük bir bayramla kutlanıyordu. 1890 Ayazmasının havuzunun basamaklarının dokuz adet oluşu da Yortu’nun dokuz gün oluşuyla benzerlik gösterir. Bütün bu yortunun gelirleri de hastaneye kalıyordu. Bu kutlamalar Hagios Haralampos Kilisesi’nde yapılıyordu. Bu kutlamalar Panagia Phaneromeni Ayazması için de önemliydi. Burada da dualar ediliyordu. Panagia Phaneromeni Ayazması için iki önemli gün vardı. Birincisi bu Ayazma’nın kuruluşuna neden olan ikonanın bulunduğu gün, 28 Haziran 1852 tarihidir. Diğeri ise 23 Ağustos’ta yapılan “ENNEAIMERA Yortusu” idi.

Panagia Phaneromeni’nin 28 Haziran 1852’de ikonasının bulunması, bölgede çok büyük bir olay oldu. Çevre ve bölge sakinleri için bu buluş, büyük bir tarihsel ve dinsel olay sayıldı ve inancı canlandırdı. Gerçekleşen mucizeler, Meryem’in varlığını ve korunmasını kanıtlayan bir tanrısal işaret olarak değerlendirildi. Halk bu ikonanın bulunduğu günden itibaren cesaretini yeniden kazandı. Toprağı ekti, zeytinlikler ve asmalıklar da büyük ölçüde işlendi. Zeytinyağı atölyeleri ve fabrikaları kuruldu. Gemiler yaptırıldı ve bütün bunlara Phaneromeni’nin öncülük ettiğine inanıldı. Böylelikle onlar için yeniden bir hayat başlamış oluyordu. Bu zenginliğin sonunda da kentte çok büyük imar hareketleri görüyoruz. Nitekim bugün ayakta kalan bütün bu yapıların bu tarihten sonra yapılmış olduğu dikkati çeker görüyoruz. Panagia’nın ikonası, Ayazma’da değil Hagios Haralampos Kilisesi’nde yer alıyordu. Hagios Haralampos’un rahipleri bu ikonayı alıp, Ayvalık içinde ve dışında tarlalarda ve birçok yerde onunla kutsama yapıyorlardı. Bütün bu kutsama sırasında toplanan bağışlar, hep hastane gelirlerine kaydediliyordu. En büyük bayram ise 23 Ağustos’ta gerçekleştiriliyordu. Bu bayram, yine Hagios Haralampos Kilisesi’nde ve bütün kiliselerde kutlanıyordu. Ayazma’da da yine büyük dualar yapılıyordu. Demek ki Ayazma’nın iki büyük bayramı vardı. Birincisi 28 Haziran, ikonanın bulunduğu gündü. İkincisi de 23 Ağustos’ta, Hz. Meryem’in dokuz günlük yortusu ile ilgili yapılan bayramdı.

Panagia Phaneromeni’nin ikonası, 28 Haziran 1852’de bugün olduğu yerde, sahilden yaklaşık 100 m uzaklıkta bulunan ve Saliokola (veya Saliokoula’nın Bahçesi) olarak denilen yerde bulundu. İkonanın bulunması için uzun süre kazılar gerçekleştirildi. Taşralı, basit, fakat içinde Tanrı sevgisi olan Ayvalıklı Evaggelini isimli 16 yaşlarında bir kız çocuğunun 1851 yılının bir Pazar günü görmüş olduğu rüyanın sonucunda söz konusu alan kazıldı. Kazılar sonucunda Meryem Ana’nın ikonası ve kutsal su ortaya çıkarıldı. Daha sonra “Kassiani” ismiyle rahibe olan bu kız çocuğunun yüzyılın sonuna kadar yaşamış olduğu sanılıyor.

İkona’nın bulunduğu tarih olan 1852’den Rumlar’ın bölgeden gittiği 1922 tarihine kadar bu Ayazma, Ayvalık ve çevre bölgelerdeki en büyük tapınma alanı ve dini merkez oldu. İkona, o zamanın halkının anlatımlarına göre ve kaynaklarda ifade edildiği üzere gümüş veya altın kaplamalı olup, küçük boyutta ve ahşaptan yapılmış çekmeceli bir çerçevesi olduğu söyleniyordu. Bu ikona, daha çok Hagios Haralampos Kilisesi’nde tutuluyordu ve hem Ayazma’yı hem de evleri, tarlaları kutsamak için sürekli olarak gezdiriliyordu. 1876 yılında basılan ayin kitabının üzerindeki gravürde Meryem Ana, sağ elinde khiton giyimli ve ayakta duran İsa’yı tutuyordu. İsa, sağ elini öne uzatmış ve üç parmağı da kutsama pozisyonundaydı. Sol eliyle ise Meryem Ana’nın göğsünün önündeki yer küreyi tutuyordu. Meryem Ana, sağ eliyle İsa’ya sarılmakta ve sol eliyle de ayaklarını tutuyor olarak görünüyordu.

2011 yılında Balıkesir Müzesi’nin Prof. Dr. Ömer Özyiğit danışmanlığında ayazmada yaptığı kazılar sonucunda 1867 ve 1890 ayazmalarının havuzları bulunmuştur. Prof. Dr. Ömer Özyiğit ve ekibi, yapının rölöve, restitüsyon ve restorasyon projelerini hazırlamışlardır. Proje, Bursa Anıtlar Kurulu’nca bir yıl sonra 2012’de onaylanmıştır. Restorasyon için gerekli maddi destek Ayvalık Belediyesinin önderliğinde 2016 senesinde başlatılmıştır. İki Ayvalıklı kuzen olan Muhtar Kent ve Şerif Kaynar'ın önderliğinde ve Ayvalığa inanmış kişilerin destekleriyle proje finanse edilmiş ve Ayazma herkesin ziyaretine açılmıştır.

The Hagiasma originated from Hagias (sacred) and ma (water) and referred to Turkish language as the "Ayazma". Orthodox people dedicated their water resources to saints and they believed that these holy people gave spiritual and bodily healing to other people with the help of these water sources. Although it is a cult of Christian belief, Muslims also followed this tradition, drinking and pouring on them these sources of holy water to seek the ways of healing.

The most famous and important religious structure of Ayvalık was Panagia Phaneromeni Ayazma. Panagia means "Mother Mary" and Phaneromeni means "from the sky." Panagia's icon was found in 1852 with an excavation after a dream. After this miracle and discovery of holy source water the original Hagisma was built. Ongoing excavations were unravelled an inscription from the pool in 1867.

In this inscription, it was told that the first hagaisma was made with the expenditures of Khioslu Captain Mihalis Papazis. The original structure was completely rebuilt in 1890 and the Panagia Phaneromeni Ayazma became the religious building of the city until 1922…During the excavations it was confirmed that this place was not a church but only a wellness center Hagisma with the use of Holy Waters. It lost its effectiveness when the region was totally captured by the Turks.

Between the years of 1850 and 1922 this holy place received visitors from many lands in the hope of recovery. People from Fhocia,Balikkesir,Istanbul, Mitillini,Samos were recorded and also from far places such as Hydra Island and Rumeli. People often stayed within Ayazma up to 7 days drinkinng the holy water and pouring on themselves. We understand from the records various patients such as Deaf people,mental patients, epilepsic cases, hearing problems, high fever patients,depression cases, stroke patients,blinds and all other various cases were coming to this specific Ayazma to seek recovery. The second largest hospital in the Aegean area was built with the donations of the patients visiting Ayazma. This hospital today serves as Primary Sakarya school.

In 2011, with the excavations of Balıkesir Museum’s carried out with the consultation of Prof. Dr. Omer Özyigit, discovered the pools of 1867 and 1890 hagiasmas’. Professor Dr. Ömer Özyiğit and his team have prepared the surveying, restitution and restoration projects. The project was approved after one year in 2012 by the Bursa Council of Monuments. The financial efforts to rebuild the Hagisma has started with the leadership of the Ayvalık Municapility in 2016. Under the leadership of two cousins from Ayvalık namely Muhtar Kent and Şerif Kaynar the project was completed thanks to the people who have contributed towards financing.. The Panagia Phaneromeni Ayazma is now open to public visitors.